中国音乐学院音乐学系建立于1964年9月，建系之初为音乐理论系，1981年更名为音乐学系。经过55年的发展，音乐学系在学科建设上已经形成了相对完整的教学体系和相对雄厚的学术力量，具有学士、硕士（1981）、博士（2007）三个层次的培养授予权。同时音乐学学科还是国家级特色专业建设点，北京市重点学科、北京市级特色专业建设点、北京高等学校市级人才培养模式创新试验区。

在发展的历程中，音乐学系出现了冯文慈、耿生廉、董维松、何昌林、张静蔚、沈洽、吴文光、杜亚雄、陈铭道、赵塔里木、姚艺君、修海林、赵为民、刘勇、韩宝强等几代在国、内外具有重要影响的专家、学者。在音乐学各个领域的教学与科研上取得了可喜成绩，多人获得重要学术奖项。其中，国家级教育教学成果奖1项，北京市高等教育教学成果奖2项，北京市哲学社会科学成果奖3项，金钟奖理论评论奖3项，金钟奖终身成就奖1人，教育部新世纪优秀人才1人，北京市教学（青年）名师4人，北京市长城学者3人，北京市优秀教学团队2个。

目前，音乐学系有音乐学理论（五年制）和音乐科技（四年制）两个本科招生方向，系内下设音乐史、民族音乐、体系音乐、音乐科技四个教研室，音乐史教研室主要包括中、西音乐史等等专业及方向；民族音乐教研室包括传统音乐理论、民族音乐学（Ethnomusicology）等等专业及方向；体系音乐教研室主要包括数位音乐典藏技术、音乐版权研究、音乐美学等专业及方向；音乐科技教研室则包括录音、乐器学和音乐声学等专业及方向。同时音乐学系还拥有音乐声学、乐器学、录音三个实验室。各专业和方向均具有博硕士授予权。

音乐学系目前在读本科生103人，硕士研究生76人，博士研究生27人。研究生人数和本科生人数持平，具有较为鲜明的教学科研型教学单位的特点。

历任系主任：关鹤童、冯文慈、张静蔚、吴文光、杜亚雄、陈铭道、姚艺君、赵晓楠

现任系领导：系主任毕明辉，系党总支书记肖明、副系主任金溪，系副书记王琢